Chap.11 计算小白硬学VASP —— 构建slab模型

Chap.11 计算小白硬学VASP —— 构建slab模型

炫酷老司机 Lv99
  2024-08-05 2024-08-05 创建   2024-08-05 10:34:12 2024-08-05 10:34:12 更新      2k 字  9 分钟  

¡Hola a todos!

本章介绍如何构建slab模型。

首先切面用到的miller index针对的是bulk模型的惯用胞（conventional cell）而不是原胞（primtive cell），这与之前计算能带是刚好相反的。

所以，在进行切面操作时，要确保你的bulk模型是惯用胞，可以用pymatgen的功能来帮助实现。

  • 直接从Materials project下载结构

如果是从MP上下载结构，我们需要把conventional_cell = True打开：

1
2
3
4
5
6
7
from mp_api.client import MPRester

api_key = "your key"

with MPRester(api_key) as mpr:
    Si = mpr.get_structure_by_material_id("mp-149",conventional_unit_cell=True)
    Si.to(filename="./Si_conventional.cif")

这样确保你下载的结构是惯用胞。

  • 原胞转化为惯用胞

也可以通过转化来确保使用的是惯用胞：

1
2
3
4
5
6
7
8
9
from pymatgen.core.structure import Structure
from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer

structure = Structure.from_file("./Si_primtive.cif")
analyzer = SpacegroupAnalyzer(structure)
print(f'old structure: \n {structure}')
print('\n')
new_structure = analyzer.get_conventional_standard_structure()
print(f'new structure: \n {new_structure}')

new_structure对应的就是惯用胞结构。运行代码：

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
old structure: 
 Full Formula (Si2)
Reduced Formula: Si
abc   :   3.849278   3.849279   3.849278
angles:  60.000012  60.000003  60.000011
pbc   :       True       True       True
Sites (2)
  #  SP        a      b      c
---  ----  -----  -----  -----
  0  Si    0.875  0.875  0.875
  1  Si    0.125  0.125  0.125


new structure: 
 Full Formula (Si8)
Reduced Formula: Si
abc   :   5.443702   5.443702   5.443702
angles:  90.000000  90.000000  90.000000
pbc   :       True       True       True
Sites (8)
  #  SP       a     b     c
---  ----  ----  ----  ----
  0  Si    0.75  0.75  0.25
  1  Si    0     0.5   0.5
  2  Si    0.75  0.25  0.75
  3  Si    0     0     0
  4  Si    0.25  0.75  0.75
  5  Si    0.5   0.5   0
  6  Si    0.25  0.25  0.25
  7  Si    0.5   0     0.5

或者你不知道自己的结构到底是原胞还是惯用胞，可以无脑直接转换，因为对于本身就是惯用胞的结构，get_conventional_standard_structure()方法不会修改本身的信息：

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
from pymatgen.core.structure import Structure
from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer

# 读取本身是惯用胞的结构
structure = Structure.from_file("./Si_conventional.cif")
analyzer = SpacegroupAnalyzer(structure)
print(f'old structure: \n {structure}')
print('\n')
new_structure = analyzer.get_conventional_standard_structure()
print(f'new structure: \n {new_structure}')

结果不变，运行代码：

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
old structure: 
 Full Formula (Si8)
Reduced Formula: Si
abc   :   5.443702   5.443702   5.443702
angles:  90.000000  90.000000  90.000000
pbc   :       True       True       True
Sites (8)
  #  SP       a     b     c
---  ----  ----  ----  ----
  0  Si    0.75  0.75  0.25
  1  Si    0     0.5   0.5
  2  Si    0.75  0.25  0.75
  3  Si    0     0     0
  4  Si    0.25  0.75  0.75
  5  Si    0.5   0.5   0
  6  Si    0.25  0.25  0.25
  7  Si    0.5   0     0.5


new structure: 
 Full Formula (Si8)
Reduced Formula: Si
abc   :   5.443702   5.443702   5.443702
angles:  90.000000  90.000000  90.000000
pbc   :       True       True       True
Sites (8)
  #  SP       a     b     c
---  ----  ----  ----  ----
  0  Si    0.25  0.75  0.75
  1  Si    0     0     0
  2  Si    0.25  0.25  0.25
  3  Si    0     0.5   0.5
  4  Si    0.75  0.75  0.25
  5  Si    0.5   0     0.5
  6  Si    0.75  0.25  0.75
  7  Si    0.5   0.5   0

Note：上述方法对于缺陷结构和掺杂结构，由于对称性无法识别可能无法转化。

SlabGenerator模块

进入正题，切面主要用到pyamtgen的SlabGenerator模块，首先导入它：

1
from pymatgen.core.surface import SlabGenerator

然后需要先实例化SlabGenetator，才能调用里面的切面方法：

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
from pymatgen.core.surface import SlabGenerator
from pymatgen.core.structure import Structure

Si = Structure.from_file("./Si_conventional.cif")

# 实例化
slabgen = SlabGenerator(
    initial_structure=Si,		# 初始结构
    miller_index=(1, 1, 1),		# 指定晶面
    min_slab_size=15,			# slab厚度
    min_vacuum_size=20,			# 真空层厚度
    in_unit_planes=False,		# 切换 min_slab_size & min_vacuum_size
    center_slab=True,			# slab模型居中
    primitive=True,				# 使用最小切面结构
    reorient_lattice=True,		# 重定向晶格
)

这里着重介绍in_unit_planes和primitive参数。

  • in_unit_planes：影响min_slab_size和min_vacuum_size的数值，默认为False。

    • 当为False时，min_slab_size和min_vacuum_size对应的单位为Angstrom ，即上述分别表示slab厚度为10埃，真空层厚度为15埃；

    • 当为True时，数值为切面的层数，如此时min_slab_size和min_vacuum_size都设置为3，表示slab厚度和真空层厚度为(1,1,1)面最小重复单元乘以3。需要注意的是，此时数字3并不等于原子层数，且不同晶面的最小重复单元的厚度不一样，如Si的(1,1,1)面单层厚度是小于(1,0,0)面的。

  • primitive：默认为True。该参数跟primitive cell没有关系，在这里是决定slab结构是否选取最小单元。当设置为True时，如1x1x1的Si惯用胞结构和3x3x3超胞的Si惯用胞结构，最后得到的slab结构是一样。

SlabGenerator下面有许多切面的方法，下面一一介绍。

get_slab()方法

get_slab()方法用于生成指定暴露面原子的slab结构，传入shift参数来指定原子。该方法不建议直接使用，前提你需要确定shift的值。对于垂直于坐标轴的切面，shift值对应的分别就是abc的坐标，但是其他晶面情况就需要简单的运算之后才能够得到shift值。代码如下：

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
from pymatgen.core.surface import SlabGenerator
from pymatgen.core.structure import Structure

Si = Structure.from_file("./Si_conventional.cif")

slabgen = SlabGenerator(
    initial_structure=Si,
    miller_index=(1, 1, 1),
    min_slab_size=15,
    min_vacuum_size=20,
    in_unit_planes=False,
    center_slab=True,
    primitive=True,
    reorient_lattice=True,
)
# 生成表面
slab = slabgen.get_slab(shift=0)
# 保存结构
slab.to("./Si_111_getslab.cif")

vesta里面查看结构：

image-20240805095256547

slab厚度和真空层厚度可根据上述方法自行调整。

get_slabs()方法

get_slabs()支持生成所有符合要求的slab，接受传入的参数也要比gen_slab()多，主要有：

  • bonds：设置成键范围。通俗的讲就是保护指定原子键对，避免断键。如LiFePO4中要保护PO4基团不被切断键，可以设置bonds={(“P”, “O”): 3}，这样就告诉pymatgen，3埃范围内的P原子和O原子维持成键，切面时就会避开PO4断键了。
  • max_broken_bonds：自动切表面时，最大断键数，默认为0。建议不要主动设置，对于复杂结构，会导致切出的slabs数量急增。
  • repair：自动补齐暴露面断键原子，默认False。也建议不要设置，会生成许多不可理的结构。
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
from pymatgen.core.surface import SlabGenerator
from pymatgen.core.structure import Structure

Si = Structure.from_file("./Si_conventional.cif")

slabgen = SlabGenerator(
    initial_structure=Si,
    miller_index=(1, 1, 1),
    min_slab_size=15,
    min_vacuum_size=20,
    in_unit_planes=False,
    center_slab=True,
    primitive=True,
    reorient_lattice=True,
)
# 生成所有表面
slabs = slabgen.get_slabs()
# 打印结构信息
print([slab for slab in slabs])
# 保存结构
for i, slab in enumerate(slabs):
    slab.to(f"Si_111_getslabs_{i}.cif")

运行代码：

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
[Structure Summary
Lattice
    abc : 3.8492788605882793 3.8492788605882797 37.715076344492445
 angles : 90.0 90.0 120.00000000000001
 volume : 483.9543213850744
      A : 3.8492788605882793 0.0 2.3570035178225037e-16
      B : -1.9246394302941412 3.333573279519868 2.3570035178225037e-16
      C : 0.0 0.0 37.715076344492445
    pbc : True True True
PeriodicSite: Si (3.368, 0.2778, 12.18) [0.9167, 0.08333, 0.3229]
PeriodicSite: Si (-0.4812, 2.5, 12.96) [0.25, 0.75, 0.3438]
PeriodicSite: Si (-0.4812, 2.5, 15.32) [0.25, 0.75, 0.4063]
PeriodicSite: Si (1.443, 1.389, 16.11) [0.5833, 0.4167, 0.4271]
PeriodicSite: Si (1.443, 1.389, 18.46) [0.5833, 0.4167, 0.4896]
PeriodicSite: Si (3.368, 0.2778, 19.25) [0.9167, 0.08333, 0.5104]
PeriodicSite: Si (3.368, 0.2778, 21.61) [0.9167, 0.08333, 0.5729]
PeriodicSite: Si (-0.4812, 2.5, 22.39) [0.25, 0.75, 0.5938]
PeriodicSite: Si (-0.4812, 2.5, 24.75) [0.25, 0.75, 0.6563]
PeriodicSite: Si (1.443, 1.389, 25.54) [0.5833, 0.4167, 0.6771], 

Structure Summary
Lattice
    abc : 3.8492788605882793 3.8492788605882797 37.715076344492445
 angles : 90.0 90.0 120.00000000000001
 volume : 483.9543213850744
      A : 3.8492788605882793 0.0 2.3570035178225037e-16
      B : -1.9246394302941412 3.333573279519868 2.3570035178225037e-16
      C : 0.0 0.0 37.715076344492445
    pbc : True True True
PeriodicSite: Si (1.443, 1.389, 13.75) [0.5833, 0.4167, 0.3646]
PeriodicSite: Si (1.443, 1.389, 11.39) [0.5833, 0.4167, 0.3021]
PeriodicSite: Si (3.368, 0.2778, 16.89) [0.9167, 0.08333, 0.4479]
PeriodicSite: Si (3.368, 0.2778, 14.54) [0.9167, 0.08333, 0.3854]
PeriodicSite: Si (-0.4812, 2.5, 20.04) [0.25, 0.75, 0.5313]
PeriodicSite: Si (-0.4812, 2.5, 17.68) [0.25, 0.75, 0.4688]
PeriodicSite: Si (1.443, 1.389, 23.18) [0.5833, 0.4167, 0.6146]
PeriodicSite: Si (1.443, 1.389, 20.82) [0.5833, 0.4167, 0.5521]
PeriodicSite: Si (3.368, 0.2778, 26.32) [0.9167, 0.08333, 0.6979]
PeriodicSite: Si (3.368, 0.2778, 23.96) [0.9167, 0.08333, 0.6354]]

get_slabs()自动切出所有的表面，根据输出信息可以发现根据原子排布不同Si(1,1,1)面有两种暴露面：

image-20240805102203787

image-20240805102215172

补充

pymatgen切面有时候slabc方向不是正交的，即γ角不为90°。此时可以调用get_orthogonal_c_slab()方法进行矫正即可，用法为直接在slab对象调用即可：

1
2
3
4
5
6
......
# SlabGenerator生成表面
slab = slabgen.get_slab()
# 正交转化
slab.get_orthogonal_c_slab()
print()

¡Muchas gracias!

  • 标题: Chap.11 计算小白硬学VASP —— 构建slab模型
  • 作者: 炫酷老司机
  • 创建于 : 2024-08-05 00:00:00
  • 更新于 : 2024-08-05 10:34:12
  • 链接: https://andyhox.github.io/2024/08/05/Learn-VASP-from-pymatgen-11/
  • 版权声明: 欢迎个人转载、使用、转贴等，但请获得作者同意且注明出处！
目录
Chap.11 计算小白硬学VASP —— 构建slab模型
  1. SlabGenerator模块
    1. get_slab()方法
    2. get_slabs()方法
    3. 补充